Σε μια περίοδο όπου η κεντροδεξιά ήταν ένα βήμα πριν τη διάσπαση, ο 41χρονος τότε Κώστας Καραμανλής κάθεται στον προεδρικό θώκο της Ρηγίλλης διαδεχόμενος τον Μιλτιάδη Έβερτ και αναλαμβάνει να οδηγήσει τη ΝΔ και πάλι στις νίκες αλλά και να συσπειρώσει την κεντροδεξιά.
Το ΠΑΣΟΚ από το 1995 μέχρι το 2000 παρέμενε κυρίαρχο, τόσο με τον Ανδρέα Παπανδρέου, όσο και με τον Κώστα Σημίτη, ενώ η «Πολιτική Άνοιξη» του Αντώνη Σαμαρά διεκδικούσε το δικό της μερίδιο από τη Νέα Δημοκρατία. Την ίδια ώρα οι «Μητσοτακικοί» ήταν στα μαχαίρια με τον Έβερτ και η ΝΔ στα πρόθυρα διάσπασης.
Την εποχή εκείνη ο βετεράνος πολιτικός Γιάννης Βαρβιτσιώτης επεξεργάζεται την υποψηφιότητα του Κώστα Καραμανλή ως «τρίτη λύση» στο δίπολο Έβερτ – Μητσοτάκη. Είναι νέος, άφθαρτος και φέρει ένα ιστορικό όνομα. Με την ιδέα του συμφωνεί ένας άλλος από τους «βαρόνους» της Ν.Δ, ο Γιάννης Κεφαλογιάννης και μαζί οι δυο τους αναλαμβάνουν να την προωθήσουν στο κόμμα.
Την πολυπόθητη ηρεμία στη Νέα Δημοκρατία δεν φέρνει η επανεκλογή Έβερτ κι έτσι αποφασίζεται το αρχηγικό ζήτημα να λυθεί για πρώτη φορά από το συνέδριο του κόμματος και όχι από την κοινοβουλευτική ομάδα.
Το 4ο συνέδριο της Νέας Δημοκρατίας συνέρχεται στην Αθήνα από τις 21 έως τις 24 Μαρτίου 1997. Οι υποψήφιοι για την προεδρία του κόμματος είναι τέσσερις: ο πρόεδρος Μιλτιάδης Έβερτ (58 ετών), ο Γιώργος Σουφλιάς (56 ετών), που υποστηρίζεται και από τους μητσοτακικούς, ο Βύρων Πολύδωρας (50 ετών), που κηρύσσει αντάρτικο στα «τζάκια» της πολιτικής και ο νεώτερος όλων, ο Κωνσταντίνος Καραμανλής (41 ετών), ανιψιός του ιδρυτή της παράταξης Κωνσταντίνου Γ. Καραμανλή, που ζητά από τους συνέδρους να τον ψηφίσουν για να «απαλλάξει την παράταξη από τις κακοδαιμονίες, τη μιζέρια, τους φατριασμούς, την εσωστρέφεια, τις βεντέτες και τους προσωπικούς ανταγωνισμούς που την τυράννησαν επί πολλά χρόνια».
Στην πρώτη ψηφοφορία, που έγινε την Παρασκευή 21 Μαρτίου 1997, οι τέσσερις υποψήφιοι έλαβαν: Κώστας Καραμανλής 40,73%, Γιώργος Σουφλιάς 30,52%, Μιλτιάδης Έβερτ 25,34% και Βύρων Πολύδωρας 3,4%. Στη δεύτερη ψηφοφορία πρόεδρος του κόμματος εκλέγεται ο Κώστας Καραμανλής με ποσοστό 69,16%, έναντι 30,84% του Γιώργου Σουφλιά. Το συντριπτικό ποσοστό που έλαβε δεν επιδέχεται οποιασδήποτε αμφισβήτησης και οι τρεις αντίπαλοί του σπεύδουν να τον συγχαρούν.
Στις εκλογές του 2000 έχασε οριακά τη νίκη και την πρωθυπουργία από τον Κώστα Σημίτη. Τέσσερα χρόνια αργότερα, στις 7 Μαρτίου 2004, αναδείχθηκε νικητής στις βουλευτικές εκλογές με ποσοστό 45,36% εξασφαλίζοντας, έτσι, κοινοβουλευτική πλειοψηφία 164 εδρών επί συνόλου 300. Έλαβε εντολή σχηματισμού κυβέρνησης από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας και στις 10 Μαρτίου ορκίστηκε Πρωθυπουργός και υπουργός Πολιτισμού.
Το 2007 προκήρυξε πρόωρες εκλογές, τις οποίες κέρδισε η Νέα Δημοκρατία στις 16 Σεπτεμβρίου, εξασφαλίζοντας ποσοστό 41,8% και 152 έδρες στη Βουλή, έναντι 38,1% για το ΠΑΣΟΚ και 102 έδρες.
Δύο χρόνια μετά τη νέα εκλογική νίκη, το 2009, προκηρύσσει πάλι πρόωρες εκλογές, αυτή τη φορά επικαλούμενος τα προβλήματα της ελληνικής οικονομίας αλλά πιο πολύ την άρνηση του ΠΑΣΟΚ να συνεργαστεί στο θέμα της εκλογής Προέδρου της Δημοκρατίας, Κάρολου Παπούλια. Η ανακοίνωση έγινε στις 2 Σεπτεμβρίου του 2009 από τον ίδιο τον πρωθυπουργό σε τηλεοπτικό διάγγελμα.
Οι εκλογές στις 4 Οκτωβρίου 2009 δίνουν τη νίκη στο ΠΑΣΟΚ. Το ίδιο βράδυ, σε δημόσια δήλωσή του για το αποτέλεσμα των εκλογών. δήλωσε ότι, καθώς οι πολίτες δεν ενέκριναν την πολιτική των αναγκαίων αποφάσεων για τις χρόνιες αδυναμίες της οικονομίας μας και την έξοδό της από την οικονομική κρίση με τις μικρότερες συνέπειες, σεβόμενος την απόφασή τους, δρομολογεί τις διαδικασίες για την εκλογή νέου προέδρου της Νέας Δημοκρατίας.
