Το πανεπιστήμιο Αιγαίου έλαβε την υψηλότερη βαθμολογία μεταξύ όλων των πανεπιστημίων της χώρας, με βάση τις εκθέσεις Εξωτερικής Αξιολόγησης, όπως δημοσιοποιήθηκαν από την ΑΔΙΠ (Αρχή Διασφάλισης και Πιστοποίησης της Ποιότητας στην ανώτατη εκπαίδευση).
Συγκεκριμένα, το πανεπιστήμιο Αιγαίου έλαβε ως συνολική ιδρυματική αξιολογική επίδοση, την υψηλότερη προβλεπόμενη, «Worthy of Merit (Άξια Θετικής Μνείας)», ένα από επτά συνολικά πανεπιστήμια με την υψηλότερη αυτή επίδοση (πανεπιστήμιο Αιγαίου, πανεπιστήμιο Κρήτης, Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών, Διεθνές Πανεπιστήμιο, Αριστοτέλειο πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Πολυτεχνείο Κρήτης, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών).
Επιπλέον, το πανεπιστήμιο Αιγαίου έλαβε τις συνολικά υψηλότερες βαθμολογίες στις 26 επιμέρους ενότητες, μεταξύ όλων των πανεπιστημίων της χώρας: 18 Worthy of Merit (Άξια Θετικής Μνείας), 7 Positive (Θετική), 1 Partially Positive (Εν Μέρει Θετική).
Ας σημειωθεί ότι τρία στα δέκα ΑΕΙ πήραν άριστα, έξη στα 10 πολύ καλά, και το ένα στα 10 πέρασε τη βάση, στις 22 εκθέσεις για τα πανεπιστήμια και 14 για τα ΤΕΙ, που συνέταξαν οι εξωτερικοί αξιολογητές της ΑΔΙΠ, που «όργωσαν» όλα τα ΑΕΙ της χώρας (επιτόπιες επισκέψεις), κατά το διάστημα μεταξύ Οκτωβρίου 2015-Ιουλίου 2016.
Ειδικότερα, από τα 36 ΑΕΙ:
Α. Το 27,8% αξιολογήθηκε ως «Άξιο θετικής μνείας».
Β. Το 61,1% έλαβε «θετική αξιολόγηση».
Γ. Το 11,1% «μερικώς θετική».
Δ. Δεν υπήρξε αρνητική αξιολόγηση.
Από την ανάλυση των ευρημάτων, διαφαίνονται περιθώρια βελτίωσης στις σχέσεις των φοιτητών με τα μέλη ΔΕΠ, στη συμμετοχή των φοιτητών στις διαδικασίες αξιολόγησης, καθώς και στην κατάρτιση στρατηγικών πλάνων.
Σύμφωνα με πληροφορίες στα σημαντικότερα αρνητικά ευρήματα περιλαμβάνονται επίσης ζητήματα δυσλειτουργιών που αφορούν στις σχέσεις των ΑΕΙ με το υπουργείο Παιδείας Έρευνας και Θρησκευμάτων, τα οποία, κατά την γνώμη των Εμπειρογνωμόνων, περιορίζουν την αυτονομία των ιδρυμάτων.